在手游二战风云中，玩家在执行船运兵过程时最直接而严峻的问题便是敌对势力的海上力量。敌人会派出潜艇、驱逐舰甚至是航空母舰对玩家进行围剿。这就要求玩家必须有足够的火力和防御措施来应对可能的攻击，比如配置一定数量的护航舰艇和潜艇以提高生存率，利用情报收集手段提前了解敌人的动向，制定合理的航线规划，尽可能避免直接与敌舰队正面冲突。
即便玩家成功规避了敌方的海上主力，空中侦察与攻击依然是不可忽视的威胁。敌方的侦察机可能随时发现玩家的航运兵力，进而引来轰炸机群的密集轰炸。在船运过程中，提升自身的空中防御能力、配置一定的高射炮和战斗机支援变得至关重要。晴朗的天气虽然有利于航行，却也更易被敌方侦察；阴雨天气虽有掩护作用，但会对航速和操作安全造成不利影响，需要玩家进行权衡。
长途的航行还会带来资源补给的问题。如燃料、弹药和食物的存储都需要合理规划。由于船只的载重量有限，玩家需要在保证船只机动性和防御火力的做出最优的资源分配，这对玩家的策略眼光和预判能力提出了高要求。一途中可能遇到的意外情况，如船只损坏、人员伤亡等，都需要及时有效的补给与维修，而这往往需要玩家提前做好长途规划。
在运兵过程中，通讯设施有可能因为敌方的电子干扰或者直接破坏而造成信息传递与指挥中断。面对这项挑战，玩家需要建立一个多层次、互备的通讯体系，保证在主要通讯手段失效时，还有备用的方式可以保持指挥效能。这包括利用各类通讯设备、甚至是非常规的信号传递方法，确保指挥不受干扰，行动切实可行。
除了直接来自敌方的威胁外，自然环境也是船运兵过程中需要面对的一大挑战。海上的暗礁、复杂的航道、突发的暴风雨等都对航行安全构成了威胁。玩家在此过程中必须利用先进的导航工具和天气预报，提前做好规划和调整，避免不必要的损失。掌握恶劣天气下的航行技巧，也是测试玩家应急能力的重要方面。
总体而言，手游二战风云中的船运兵过程不仅考验了玩家对战争历史的理解与兴趣，还极大地锻炼了玩家的策略制定能力、资源管理能力以及应对突发状况的能力。面对敌对海上力量、空中威胁、资源补给问题、通信中断以及自然环境的挑战，玩家必须做到细心规划、灵活应变。通过玩家自己的智慧和勇气，顺利完成船运兵的艰难任务，不仅可以感受到游戏的乐趣，更是对个人综合能力的一次全方位的检验。
